Нужно регекспом найти строчку, но только если в ней НЕТ одного слова, т.е. например, это найти должно
<?xml version="1.0"?>
а это нет
<?xml version="1.0" encoding="windows-1251"?>
ориентироваться по слову encoding. Также пойдет (должно найти) и
<?xml version="1.0" enc="win-1251"?> пусть сам заголовок xml неправильный, это просто пример.

Возможно?
Проверять если что тут http://regexr.com/

<\?xml\s+[^e]...........

но для удобства лучше иметь два выражения
одно должно обязательно матчить, второе обязательно должно не матчить

Вот что работает... после вопроса сюда мозги прямо активизируются... :)
(<\?xml\s*((?!encoding)[^\?])*)(\?>)