Таки да, выравнивание (нужно на 8):
http://bobmoore.mvps.org/Win32/w32tip75.htm
Хотя лично я c этой проблемой никогда не сталкивался. Возможно, выравнивание нужно только для многоядерных AMD, которые уже отметились глючностью QPC (в данном случае требование выравнивания - скорее глюк, т.к. оно не документировано).

Тема так и называется. Глюк с QueryPerformanceFrequency, только надо сразу было добавить на многоядерных AMD.
Всем спасибо. Тема закрыта.