Как в целом для приложения (а не для конкретной формы) программно определить, что пользователь
1) нажал клавишу (любую) на клавиатуре;
2) сделал манипуляцию мышью (нажал левую / правую кнопку мыши или покрутил колесом)?

Очень просто :)
Нужно просто ловить сообщения - messages, посылаемые системой

1) Читаем MSDN и собираем нужные нам сообщения:
WM_KEYDOWN:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms646280(VS.85).aspx
WM_MOUSEWHEEL:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms645617(VS.85).aspx
и так далее

2) Размещаем на форме компонент TApplicationEvents, с помощью которого будем ловить сообщения, посылаемые нашему application
3) В событии OnMessage у него прописываем нужный код, который должен выполняться в каждом конкретном случае, например:



PS: полный список сообщений, которые нужны в данном случае
WM_KEYDOWN
WM_KEYUP
WM_SYSKEYDOWN
WM_SYSKEYUP
WM_LBUTTONDOWN
WM_LBUTTONUP
WM_RBUTTONDOWN
WM_RBUTTONUP
WM_MOUSEWHEEL

Подробности - в MSDN (см. пункт 1), хотя и по их названиям можно запросто понять, к каким событиям они привязаны