Возможно так запустить приложение, чтобы его всплывающие окна не были видны, а приложение в целом работало? Приложение сторонее и делает загрузку разные ошибки, формы из себя.

В сад!
Т.е. я хотел сказать в "Прочее" :)

Возможно. Например, многие браузеры можно запустить с блокировкой всплывающих окон.

> Приложение сторонее и делает загрузку разные ошибки, формы из себя.

Попробуйте понятнее и грамотнее это написать.

SetWindowLong(Application.Handle, GWL_EXSTYLE, (GetWindowLong(Application.Handle, GWL_EXSTYLE) or WS_EX_TOOLWINDOW) and (not WS_EX_APPWINDOW));
 ShowWindow(Application.Handle,SW_HIDE);
 Application.ShowMainForm := False;

в dpr перед   Application.Initialize;

Приложение сторонее и делает загрузку разные ошибки, формы из себя.

Телепатор говорит, что у автора есть чей-то экзешник, который при загрузке выдает ненужные окошки, и автору хочется написать программу, которая бы эти окошки автоматически закрывала.

Ответ: если вручную можно акрыть много окошек, то можно и програмно. Надоловить соотвествующие окна* (FindWindow, имя и класс можно глянуть специальными утилитами, коорые я забыл), а затем посылать туда сообщения типа WM_CLOSE и WM_BTNCLICK.

--
* В данном случае, окном моет быть кнопка, массага и пр.