Приложение: 2 таймера (обычные), и один дополнительный поток. В потоке могут изменятся данные которые визуализируются при помощи OpenGL на главной форме. Естественно все сделано таким образом, что все данные "защищены" с помощью мьютексов и синхронизации.
Проблема: на одноядерных процессорах - все ок, на двухядерных атлонах - дополнительный поток как бы останавливается - таймеры работают как надо - данные на форме изменяются, и проблем с отрисовкой никаких нет. Причем поток постоит так некоторое время (в районе минуты), затем продолжит свое выполнение. Поток можно принудительно запустить если нажать Ctrl+Alt+Del - тогда - поток сразу начинает выполнятся. Проблема возникает не постоянно, а только эпизодически.
Кто сталкивался с чем-либо подобным - попинайте в нужном направлении.

И еще: Dual Core Optimizer - ничего не меняет, задание в диспетчере задач приложению только одного ядра тоже ничего не меняет.

Разобрался - тупил драйвер железа.