в файлах fragment_shader.txt и vertex_shader.txt  хранятся
формулы например

void main( void )
{
   vec3 EyeT = normalize(EyeDir);
   vec4 Offset = texture2D(HeightTexture,v_texCoord) * Strength;
   Offset = Offset ;
   vec2 TexCoords = Offset.xy * EyeT.xy + v_texCoord;
   gl_FragColor =texture2D( TestTexture, TexCoords );

}
А где тогда хранятся значения переменных???
(в программе RenderMonke значения задаются в отдельном окне)

Их надо задавать в программе через glUniform

вот так?
// Передача шейдеру ссылки на текстуру стены
glUniform1iARB( shader_testTexture, 0);

 // Передача шейдеру ссылки на текстуру с картой высот
glUniform1iARB( shader_heightTexture, 1);

 // Передача шейдеру координаты камеры (упрощенно)
glUniform4fARB( shader_eye, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0);