в инсталляторе можно пропистать что если при начале установке в системе не установлен framework то установить его с сайта либо из файла(локального или удалённого)
а можно-ли всунуть framework в MSI файл чтобы он не шёл отдельным файлом?

а в File System->Application Folder->add->File не вариант? (так в VS2005)