Как делается скелетная анимация с помощью шейдера?
Про скелетную анимацию я знаю что каждой кости "присваиваются" свои вершины меша которые должны двигаться вместе с этой костью.
Но обьясните как шейдер реализует эту анимацию. Если что дайте ссылку на статью.

http://igrodel.ru/glsl-bones.htm
тут почитай нормальные исходники есть
шейдер реализовывает анимацию, очень просто так же как CPU, толко на много быстрей чем процессор в подробности того как устроена и считает видеокарта не буду так так много написано.
Вкратце
в шейдер передаются матрицы трансфомации костей, каждая вершина помечена какой кости она принадлежит, шейдерная программа выполняется для каждой вершины, если вершина принадлежит 23 кости то выполняем для нее трансформации 23 матриции.