Подскажите возможно ли передать параметр из WebUserControl в главную форму(и там его испрользовать) черз Session?

Можно. Но не нужно.

Подскажите каким образом лучше всего организовать обмен данными между WebUserControl и основной формой.

WebUserControl -- такой же объект, как и все другие. Соответсвенно, обмен данными с ним производится так же, как и с любым другим объектом: через свойства и методы.