Подскажите а можно заставить FP генерировать не PE экзешники, а с любым другим заголовком (я должен сам определять)?

Ну что тут скажешь? Замени стандартный GNU линкер из MinGW32 на что-нибудь свое :^) Может, речь-таки идет о поддержке каких-то других  ОС? Тогда посмотри, нет ли их среди поддерживаемых (лучше по исходникам, так как справочная информация может отставать от жизни. Если есть - хорошо, нет - пиши свою RTL и дополняй компилятор ее поддержкой. В любом разе, скорее всего, столкнешься с проблемой нахождения в Интернете кросс-уттлит (ассемблера, линкера, библиотекаря и т.д.).

Да, реч идет о поддержки других ОС.

Кстати, если ОС компилятором поддерживается, но эта не та ОС, в которой работает сам компилятор, RTL для нее придется скачивать отдельно. А потом компилировать с опцией -T<платформа>

Нет, не поддерживается. Спасибо за ответы, считаю что тема закрыта.